Für die Käsespätzle wird ein Teig aus Mehl, Eiern, Wasser und Salz zubereitet und durch eine Spätzlepresse in kochendes Salzwasser gedrückt. Die Spätzle werden gekocht, bis sie an die Oberfläche steigen, und dann abgeschöpft. In einer Pfanne werden Zwiebeln in Butter goldbraun gebraten. Die gekochten Spätzle werden in eine Auflaufform gegeben, mit geriebenem Käse und den gebratenen Zwiebeln geschichtet und im Ofen bei 180°C gebacken, bis der Käse geschmolzen und goldbraun ist.